Las parasitemias, al comienzo muy elevadas, se van haciendo escasas. La inflamación va aumentando progresivamente, lo que contrasta con la disminución de los pseudoquistes en los tejidos.
En la enfermedad de Chagas existe compromiso de los órganos ricos en sistema retículo endotelial (ganglios linfáticos, hígado y bazo), SNC, miocardio y órganos huecos, especialmente el tuvo digetivo.El estudio histológico revela lesiones vasculares y perivasculares, alteraciones cualitativas y cuantitativas de los plexos nerviosos periféricos y del SNC
La transmisión trasplacentaria de Trypoanosoma Cruzi es posible en la segunda mitad del embarazo; es decir que, al igual que en la toxoplasmosis, este agente parasitario es capaz de producir fetopatías y no embriopatías.Produce en el feto una infección generalizada, aguda, in los signos de puerta de entrada o chagoma de inoculación, con parasitemias e innumerables nidos de multiplicación en los tejidos, especialmente a nivel del SNC, del miocardio, del sistema retículo endotelial y de la musculatura esquelética. En el momento del nacimiento, el niño puede presentar bajo peso, premadurez, hepato y esplenomegalia, y compromiso variable del corazón y del SNC.
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